Le principali compagnie che servono l'aeroporto di Perugia Sant'Egidio sono la compagnia low cost Ryanair (volo Perugia - Londra, volo Perugia Barcellona) e Skybridge AirOps (volo stagionale Perugia - Olbia).

Di seguito l'elenco completo dei voli in partenza dall'aeroporto di Perugia  Sant'Egidio, dei voli di linea e dei voli charter stagionali.


Voli Nazionali

• Milano Orio al Serio (cancellato)
• Olbia Costa Smeralda (Skybridge AirOps) (sabato e domenica, periodo estivo)
• Cagliari (Ryanair) (martedì e venerdì)
• Trapani (Ryanair) (mercoledì e sabato)

Voli Internazionali

•  Londra-Stansted, Regno Unito  (Ryanair) (5 voli settimanali, lunedì, mercoledì, giovedì, venerdì, domenica)
• Barcellona-Girona, Spagna (Ryanair) (2 voli settimanali, giovedì, domenica)
• Bruxelles-Charleroi, Belgio (Ryanair) (2 voli settimanali, mercoledì, domenica)
  
• Tirana (Belle Air), Albania (4 voli settimanali, lunedì, mercoledì, venerdì e sabato)

Voli Charter

I voli charter sono organizzati dai Tour Operator nella composizione del pacchetto vacanza e sono soggetti a variazioni d'orario di tipo operativo. T.O. attivo presso l'aeroporto di Perugia - Sant'Egidio è In Viaggi.

• Rodi, Grecia (Small Planet Airlines)
• Palma di Maiorca - Ibiza, Spagna (ALBASTAR)
• Creta, Grecia (FLYAL)
• Sharm El Sheikh