Le principali compagnie che servono l'aeroporto di Perugia Sant'Egidio sono la compagnia low cost Ryanair (volo Perugia - Londra, volo Perugia Barcellona) e Skybridge AirOps (volo stagionale Perugia - Olbia).

Di seguito l'elenco completo dei voli in partenza dall'aeroporto di Perugia  Sant'Egidio, dei voli di linea e dei voli charter stagionali.


Voli Nazionali

• Milano Orio al Serio (cancellato)
• Catania (Ryanair)
• Palermo (Ryanair)
• Brindisi (Ryanair) (stagione estiva) 
• Cagliari (Ryanair)  (Ryanair) (stagione estiva) 
• Lamezia Terme  (Albastar) (stagione estiva) 
• Trapani (Albastar) (stagione estiva) 
  

Voli Internazionali

•  Londra-Stansted, Regno Unito  (Ryanair) (5 voli settimanali, lunedì, mercoledì, giovedì, venerdì, domenica)
• London-Stansted, UK (British Airways) (stagione estiva) 
• Barcelona-El Prat, Spain (Ryanair) (stagione estiva) 
• Bruxelles-Charleroi, Belgio (Ryanair) (stagione estiva)
• Wien, Austria (Ryanair) (stagione estiva) 
• Bucarest (Ryanair) (stagione estiva) 
• Rotterdam, Olanda (Transavia) (Summer season)
• Tirana (Wizz Air), Albania 
• Tirana (Albawings), Albania
• Cluy Napoca, Romania (Wizz Air)

Voli Charter

I voli charter sono organizzati dai Tour Operator nella composizione del pacchetto vacanza e sono soggetti a variazioni d'orario di tipo operativo. T.O. attivo presso l'aeroporto di Perugia - Sant'Egidio è In Viaggi.

• Rodi, Grecia (Small Planet Airlines)
• Palma di Maiorca - Ibiza, Spagna (ALBASTAR)
• Creta, Grecia (FLYAL)
• Sharm El Sheikh